农业是欧盟一体化程度最高的一个部门。50年代起实行的共同农业政策，促进了农业的发展，从根本上改变了欧洲的农业面貌，实现了由自给不足到供过于求的转变。近几年来，欧盟虽然采取了限产、休耕、降低保证价格等措施，但基本政策并没有变化。大量的农业开支不仅成为欧盟的沉重负担，而且也不符合世贸组织的有关规定，常常引起同美国的矛盾。
目前，欧盟15国共有800万农民，占全部劳动人口5％。1998年欧盟的农业开支为404亿欧元，今年433亿欧元，约占欧盟总预算的50％。各国都认为以大量的公共补贴来支持早已供过于求的农业是不合理的，必须进行改革。
再说，准备加入欧盟的中东欧国家，农业生产的比重比现有成员国大得多。如果现有的政策不变，扩大后的农业开支更是难以控制。而农业开支压不下来，预算总额也无法控制。
委员会在《2000年日程》中提出的改革方案主要是两点：一是降低对农产品保证价格，其中牛肉下降30％，牛奶下降15％，谷物下降20％。二是增加给农民的直接补贴。
目前各国的主要分歧是，德国和英国等支持委员会提出的今后由欧盟和各成员国共同负担对农民直接补贴的建议（各成员国负担25％）。这样到2006年，作为共同农业政策最大受益国的法国就要少得6．48亿欧元，西班牙和希腊也将分别少得5．28亿欧元和4．51亿欧元，而德国和英国则有6．78亿和4．29亿欧元的好处。但作为现有农业政策的最大受益者法国坚决不干，认为共同负担就是共同农业政策的重新国家化，就是倒退。最近，法国建议逐步减少对有25公顷以上土地的农民减少直接补贴，这样到2006年可以节省30亿欧元。法国的建议或许是解决难题的可行方案，但农民不干，法国农民的抗议和示威已经开始。
结构基金也可以叫扶贫基金，是为了体现成员国之间的团结精神，专门用来帮助相对落后地区的发展基金，其三大目标是：资助落后地区的发展、资助相对贫困国家的发展、支持人力资源开发。
据欧盟委员会2月2日发表的报告，过去10年中，欧盟的结构基金已总共耗资3000亿欧元。希腊、葡萄牙、西班牙、爱尔兰4个最穷的成员国的国内生产总值从1989年只占欧盟平均数的65％提高到今年的77％。这说明结构基金政策的成功。
问题是目前要求加入欧盟的几个国家的国内生产总值只是欧盟平均数的40％，其中拉脱维亚只占23％，最富的斯洛文尼亚也只占67％。如果原政策不变，新成员国必然要分去一大块，这就影响到现在相对落后的几个成员国的利益。
委员会的方案是，把享受结构基金的标准由原来低于欧盟平均水平的90％降到75％。这样可以使受益人口从占欧盟总人口的51％降到40％。但希腊、葡萄牙、西班牙、爱尔兰等4国坚持在欧盟资金东流同时，自己所得到的受援款不能减少。
无论是农业政策改革，还是结构基金政策改革，实际上都是利益再分配问题。很明显，如果谁也不肯放弃既得利益，改革就不可能成功。
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